Das Kapuzinerkloster wurde 1617 von Kaiserin Anna gestiftet, wobei auch eine Gruft als Grablege für sie und ihrem Mann in Auftrag gegeben wurde.
Das Wiener Kapuzinerkloster ist eng mit der österreichischen und europäischen Geschichte verbunden. Die Kapuziner waren die Beichtväter des kaiserlichen Herrscherhauses und sind nach wie vor die "Hüter" der Kapuzinergruft, in der zahlreiche Kaiserinnen und Kaiser beigesetzt wurden. Die weltberühmte Begräbnisstätte der Habsburger wird jährlich von ca. 200.000 Interessierten besucht.

In der Kirche, die ab dem Jahr 1622 erbaut wurde, befindet sich das Grab des Seligen Markus von Aviano. Der Kapuziner-Pater war im 17. Jahrhundert maßgeblich an der Befreiung Wiens während der Türkenbelagerung beteiligt.